শিশুদের কোমল হৃদয়ে ঈমান ও কুরআনের ভিত্তি স্থাপন করার লক্ষ্যে এ বিভাগ পরিচালিত হয়। মনোরম পরিবেশে আধুনিক ও বিজ্ঞানসম্মত পদ্ধতিতে মাত্র ১ থেকে ২ বছরের মধ্যে শিশুদের তাজবীদসহ বিশুদ্ধ কুরআন তিলাওয়াত, দৈনন্দিন প্রয়োজনীয় দোয়া এবং জরুরি মাসনূন আমল হাতে-কলমে শেখানো হয়।

এ বিভাগে প্রখর মেধার অধিকারী শিশুদের অত্যন্ত যত্ন ও স্নেহের সাথে আন্তর্জাতিক মানের হাফেজে কুরআন হিসেবে গড়ে তোলা হয়। ৩ থেকে ৪ বছরের মধ্যে সম্পূর্ণ কুরআনুল কারীম তাজবীদের নিখুঁত নিয়ম মেনে হিফজ করানোর পাশাপাশি তাজবীদের বিশেষ মশক ও নিয়মানুবর্তিতা নিশ্চিত করা হয়।

হিফজ বিভাগে প্রবেশের পূর্বপ্রস্তুতি হিসেবে ছাত্রদের কুরআন মাজীদের বিশুদ্ধ উচ্চারণ, সাবলীল পাঠ এবং গতিশীল পঠনরীতি শেখানো হয়।

দাওরায়ে হাদিস সফলভাবে সম্পন্নকারী মেধাবী আলেমদের জন্য এটি ২ বছর মেয়াদী বিশেষ গবেষণা কোর্স। সমকালীন আধুনিক সমস্যাবলীর শরীয়তসম্মত সমাধান, ইসলামী অর্থনীতি, ব্যাংকিং এবং ফতোয়া প্রদানের ব্যবহারিক কলাকৌশল শিক্ষাদানের মাধ্যমে যোগ্যতাসম্পন্ন গবেষক "মুফতি" তৈরি করা হয়।

উম্মতে মুহাম্মদীর মূল দায়িত্ব সৎকাজের আদেশ ও অসৎকাজের নিষেধ। জামিয়ার পক্ষ থেকে ছাত্রদের নিয়মিত সাপ্তাহিক ও মাসিক তাবলীগী জামাতে প্রেরণ এবং এলাকায় সাধারণ মানুষের মাঝে দ্বীনি চেতনা জাগ্রত করতে মাসিক ইজতেমা ও বয়ানের আয়োজন করা হয়।

ইলমের সাথে আমল এবং আত্মশুদ্ধির সংযোগ না থাকলে দ্বীনের হক আদায় হয় না। এ লক্ষ্যে সপ্তাহে একদিন জামিয়ার সর্বস্তরের ছাত্রদের নিয়ে বিশেষ তারবিয়াতী মজলিস অনুষ্ঠিত হয়, যেখানে জিকির, মোরাকাবা এবং আত্মশুদ্ধির নসিহতের মাধ্যমে ছাত্রদের খাঁটি আল্লাহভীরু হিসেবে গড়ে তোলা হয়।

ছাত্রদের জ্ঞানতৃষ্ণা নিবারণ, সাহিত্যচর্চা ও সমকালীন গবেষণার জন্য রয়েছে প্রাচীন ও আধুনিক দুর্লভ কিতাবাদিতে সমৃদ্ধ এক বিশাল লাইব্রেরি।

ছাত্রদের লেখনী শক্তি বিকাশ ও দ্বীনের সহীহ দাওয়াত সাধারণ মানুষের মাঝে ছড়িয়ে দিতে প্রতি বছর প্রাতিষ্ঠানিক দেয়ালিকা ও সাহিত্যপত্র "আস সালাম" নিয়মিত প্রকাশিত হয়।